29 июля 1994 года парламент принял Конституцию Республики Молдова. С тех пор в Основной закон страны были внесены несколько поправок. Одной из них стало решение 25 июля 2003 года: АТО Гагаузия получила конституционные гарантии.
Процесс начался в 2001 году, когда Кишинёв передал Венецианской комиссии инициативу, предусматривающую компетенции автономии в новом проекте Основного закона. В марте 2002 года группа докладчиков поддержала внесение поправок в Конституцию, вытекающих из положений Закона о статусе Гагаузии. 25 июля 2003 года Парламент Республики Молдова одобрил это решение 76 голосами из 101.
Согласно статье 111 Конституции, Гагаузия является автономно-территориальным образованием с особым статусом, которое, будучи формой самоопределения гагаузского народа, является неотъемлемой частью Республики Молдова. На территории АТО Гагаузия гарантируются все права и свободы, предусмотренные Конституцией и законодательством страны. Здесь действуют представительные и исполнительные органы, такие как Башкан, Народное собрание и Исполнительный комитет. Земли, недра, воды, растительный и животный мир, а также другие природные ресурсы принадлежат народу Республики Молдова и одновременно являются экономической базой Гагаузии.
В органический закон, регулирующий особый статус АТО Гагаузия, поправки могут быть внесены голосами 61 депутата Парламента. Проекты поправок, как и все законопроекты, касающиеся АТО Гагаузия, предварительно согласовываются с Народным собранием.
Многие европейские организации по правам человека, а также историки рассматривают Гагаузскую автономию как модель успешного разрешения этнических конфликтов.
Василий Шова, бывший вице-премьер по реинтеграции: «Парламент принял основные положения этого закона как конституционные. Это решение стало важным шагом с точки зрения укрепления стабильности и безопасности на юге страны, не только в автономии, но и в государстве в целом».